Yumurta toplama işleminde, hafif anestezi altındaki hastadan, vajinal yoldan aspire edilen (foliküle iğne ile girilip çekilen) folikül sıvılarının içerisindeki oositlerin (yumurta hücreleri) steril çalışma kabini içerisindeki mikroskop altında toplanmasıdır. Laboratuvara gelen oositler, vücut ısısında kalacak şeklide toplanır ve kültür sıvılarının içerisine alınarak etrafındaki hücrelerin ayrılmasını sağlayacak denüdasyon işlemine kadar 4 saat bekletilir.
Yumurta toplanan ve o güne kadar ultrason ile büyümeleri gözlenen foliküllerin tümünün içinden yumurta hücresi çıkmayabilir. Takipler esnasında hastaya belirtilen folikül sayısı ile laboratuvarda toplanan yumurta sayısı arasındaki farklılıklar bundan kaynaklanmaktadır.